A Assembléia Geral é o órgão deliberativo superior do ONS. Nela, estão representadas as três categorias de associados e participam um representante do MME, dois dos Conselhos de Consumidores e um dos geradores não despachados e distribuidores de pequeno porte.
Cabe à Assembléia Geral aprovar modificações do Estatuto, eleger ou destituir membros do Conselho de Administração e Fiscal ou da Diretoria, deliberar sobre o Relatório da Administração e as Demonstrações Financeiras de cada exercício, dentre outras atribuições.